Dateien und Programme werden - anders als in Windows - nicht per Doppelklick geöffnet! Die Programmbezeichnungen sind in den meisten Fällen nicht ident mit jenen unter Windows, z.B. Explorer (Windows)→ Nautilus (Linux / GNOME) bzw. Konquerer (Linux / KDE).

Die Verzeichnisstruktur sieht ebenfalls anders aus. Es gibt einen Basisordner mit einer Reihe von Unterordner. Steht man im Verzeichnis home/user/Documents so entspricht das z.B. den eigenen Dateien unter Windows.

Das Dateisystem beginnt mit einem Wurzelverzeichnis. Es enthält im Regelfall keine Dateien, sondern nur die folgenden Verzeichnisse:

• /bin: enthält elementare Linux-Kommandos zur Systemverwaltung, die von allen Benutzern ausgeführt werden können
• /boot: enthält Dateien, die zum Booten des Systems verwendet werden
• /dev: enthält alle Device -Dateien. Auf fast alle Hardware-Komponenten, etwa die serielle Schnittstelle oder eine Festplattenpartition, wird über so genannte Device-Dateien zugegriffen. Dabei handelt es sich um speziell gekennzeichnete Dateien, in denen keine Daten gespeichert werden, sondern die vielmehr eine Verbindung zum Linux-Kernel herstellen und somit den Zugriff auf viele Hardware-Komponenten ermöglichen.
• /etc: enthält Konfigurationsdateien für das ganze System.
• /home: enhält die Heimatverzeichnisse aller Linux-Anwender. Das ist jenes Verzeichnis, auf dem sich der Anwender nach dem Einloggen automatisch befindet und auf dessen Dateien er uneingeschränkten Zugriff hat.
• /lib: enhält einige gemeinsame Bibliotheken. Die Dateien werden zur Ausführung von Programmen benötigt.
• /lost+found: ist normalerweise leer. Enthält es doch Dateien, dann handelt es sich um Dateifragmente, die beim Versuch, das Dateisystem zu repaieren nicht mehr zugeordnet werden konnten.
• /root: enthält die Dateien des Benutzers root
• /tmp: enthält temporäre Dateien
• /usr: enthält alle Anwendungsprogramme
• /srv: Pfad für den Webserver (/srv/www/htdocs)
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